Van de totale Europese subsidie-uitgaven wordt een groot deel uitgegeven via fondsen in gedeeld beheer. Bij deze fondsen zijn de lidstaten er medeverantwoordelijk voor dat de beheers- en controlesystemen goed functioneren en de EU-middelen op de juiste manier worden besteed. Jaarlijks leggen de beleidsverantwoordelijke departementen hierover verantwoording af in departementale jaarverslagen. Onderdelen van de verantwoording zijn de subsidiabele kosten en daarmee de totale uitgaven, en de werking van de beheers- en controlesystemen. Nederland heeft in het afgelopen boekjaar voor alle fondsen samen (exclusief het EFRO-fonds36) 1,43 miljard euro aan kosten gedeclareerd. Vorig jaar hadden de totale subsidiabele kosten een omvang van 1,36 miljard euro (of 1,00 miljard euro exclusief EFRO).
Landbouwfondsen
Het Gemeenschappelijk landbouwbeleid (GLB) kent twee fondsen: het Europees Landbouwgarantiefonds (ELGF) en het Europees Landbouwfonds voor Plattelandsontwikkeling (ELFPO). Het ELGF richt zich op stabielere landbouwinkomens. Het ELFPO heeft als doel de kwaliteit van alle plattelandsgebieden in de EU te verbeteren. Het ministerie van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur (LVVN) is beleidsverantwoordelijk voor de uitvoering van de fondsen. In het gebroken boekjaar 2023-2024 heeft Nederland 874 miljoen euro gedeclareerd voor beide landbouwfondsen samen. Dit is een toename van 18 miljoen euro in vergelijking met boekjaar 2022-2023 (856 miljoen euro). In het afgelopen boekjaar zijn ook uitgaven gedeclareerd voor provinciale subsidieregelingen, die hier buiten beschouwing zijn gelaten.
Structuur- en investeringsfondsen
De Europese structuur- en investeringsfondsen (ESI) hebben als doel het regionaal beleid van de EU uit te voeren. Het Europees Fonds voor Regionale Ontwikkeling (EFRO) en het Europees Sociaal Fonds (ESF) zijn bedoeld om de economische en sociale cohesie in de EU te versterken door te zorgen voor evenwicht tussen de regio's. Het Europees Fonds voor Maritieme Zaken en Visserij (EFMZV) is gericht op de ontwikkeling van een verantwoorde visserijketen. Ook maakt dit fonds afspraken die de stabiliteit van de vismarkt bevorderen. Het Fonds voor Europese hulp aan de meest behoeftigen (EFMB) versterkt de sociale samenhang door te werken aan het terugdringen van armoede onder de meest behoeftigen.37 Het ministerie van Sociale Zaken en Werkgelegenheid was verantwoordelijk voor het ESF en EFMB. Het ministerie van Economische Zaken is verantwoordelijk voor het EFRO en het ministerie van LVVN is verantwoordelijk voor het EFMZV. In het gebroken boekjaar 2023–2024 declareerde Nederland in totaal 57 miljoen euro voor het EFMZV. Dit bedrag is significant hoger ten opzichte van het boekjaar 2022-2023 (8 miljoen euro). Voor het EFMB zijn geen uitgaven gedeclareerd, omdat alle uitgaven al in voorgaande boekjaren waren ingediend.
Voor de afsluiting van het ESF-programma voor de periode 2014 ‒ 2020 wordt gebruikgemaakt van de door de STEP Verordening38 geboden mogelijkheid de afsluiting van het programma met een jaar uit te stellen. De uitgaven voor het ESF zijn vanwege het gebruik van deze uitstelmogelijkheid nog niet door de auditautoriteit gecontroleerd. Verantwoording daarover zal in de EU-paragraaf van volgend jaar plaatsvinden. Het boekjaar 2023-2024 is het laatste boekjaar dat nog loopt onder de programmaperiode 2014-2020. In dat boekjaar heeft de managementautoriteit uitgaven voor vergoeding bij de Europese Commissie ingediend voor een bedrag van 436 miljoen euro. Voor EFMB zijn geen uitgaven ingediend. De uitgaven voor ESF en EFMB samen zijn aanzienlijk gestegen ten opzichte van boekjaar 2022-2023 (125 miljoen euro).
Voor de afsluiting van het EFRO voor de periode 2014 ‒ 2020 wordt ook gebruikgemaakt van de uitstelmogelijkheid in de STEP Verordening. Aangezien de Managementautoriteiten van alle vier de programma’s binnen EFRO gebruik hebben gemaakt van deze verlenging, zijn er geen assurancepakketten ingediend bij de Europese Commissie. Derhalve kan er over 2024 geen informatie worden verstrekt over dit fonds. Deze informatie zal worden opgenomen in de verantwoording over het jaar 2025.
Migratie- en veiligheidsfondsen
Onder de Europese migratie- en veiligheidsfondsen vallen voor de subsidieperiode 2014-202039 het Asiel-, Migratie- en Integratiefonds (AMIF) en het Fonds voor de Interne Veiligheid (ISF). Het ministerie van Justitie en Veiligheid en het Ministerie van Asiel en Migratie zijn beleidsverantwoordelijk voor de uitvoering van beide fondsen. Het AMIF heeft drie hoofdthema’s, namelijk: Asiel & Opvang, Integratie en Terugkeer. Dit fonds stimuleert het efficiënt beheer van migratiebewegingen. Ook is het fonds erop gericht het gezamenlijk asiel- en immigratiebeleid te versterken, te ontwikkelen en uit te voeren. Het ISF bestaat uit twee onderdelen: Politiesamenwerking, criminaliteitsbestrijding en crisisbeheersing en Buitengrenzen/Visa. Doel van het ISF is de uitvoering van de EU Internal Security Strategy te stimuleren. Ook draagt dit fonds bij aan samenwerking op het gebied van rechtshandhaving en het beheer van de buitengrenzen van de EU. In het gebroken boekjaar 2023-2024 declareerde Nederland in totaal 65 miljoen euro voor de migratie- en veiligheidsfondsen. Dit betreft alleen de fondsperiode 2014-2020 en is 56 miljoen meer dan in boekjaar 2022-2023 (9 miljoen euro).