Uit de Europese begrotingsregels vloeien taken voort voor de nationale autoriteiten die verantwoordelijk zijn voor het beheer van de fondsen. Zij moeten goed werkende beheers- en controlesystemen inrichten bij de besteding van EU-middelen. Met goed werkende systemen worden fouten in de uitgaven op tijd ontdekt. De onafhankelijke controleur (auditautoriteit of andere certificerende instantie) beoordeelt de kwaliteit van de beheers- en controlesystemen en de declaraties. In Nederland is de Auditdienst Rijk onafhankelijk controleur. Het foutenpercentage in de einddeclaratie van een fonds mag niet hoger zijn dan 2 procent. De Auditdienst Rijk constateert dat voor zowel ELGF als ELFPO de beheers- en controlesystemen onvoldoende functioneren en heeft hierover een afkeurend oordeel gegeven. De Europese Commissie bepaalt uiteindelijk de EU-conformiteit van de nationale implementatie en uitvoering van EU-regelgeving. De Europese Commissie kan financiële correcties opleggen als zij concludeert dat EU-regelgeving niet op de juiste wijze door de lidstaat is geïnterpreteerd of uitgevoerd.